Sekolah Tinggi Agama Kristen Kupang merupakan salah satu lembaga pendidikan di bawah naungan Yayasan Rehobot Jakarta. Sekolah Tinggi Agama Kristen Kupang berdiri sejak tahun 2013 dengan nama awal “Sekolah Tinggi Agama Kristen PAIS Talaud”.
Berkenaan dengan perkembangan kebutuhan lulusan Sarjana Pendidikan Agama Kristen di Nusa Tenggara Timur, maka Sekolah Tinggi Agama Kristen PAIS Talaud berpindah domisili ke Kupang, Nusa Tenggara Timur dan mengalami alih kelola dari Yayasan PAIS Porodisa ke Yayasan Rehobot Jakarta. STAK Kupang berdiri berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 351 Tahun 2020 tentang Perubahan Izin Institusi Sekolah Tinggi Agama Kristen Pais Porasia Talaud Provinsi Sulawesi Utara menjadi Sekolah Tinggi Agama Kristen Kupang Provinsi Nusa Tenggara Timur dan Surat Keputusan Yayasan Rehobot Jakarta Tentang Statuta Sekolah Tinggi Agama Kristen Kupang Provinsi Nusa Tenggara Timur.